15 Temmuz 2016 hain kanlı darbe girişiminden 26 gün sonra Fetullahçı Terör Örgütü/Paralel Devlet Yapılanması kapsamında 120 işadamına yönelik yapılan eş zamanlı operasyonda Müjgan Boydak da gözaltına alınmış, ifadesinin ardından salıverilmişti. Anayasal Suçlara Karşı İşlenen Suçlarla Mücadele Savcısı Salih Kılıçdağı, Müjgan Boydak ile ilgili iddianamesini hazırlayıp mahkemeye gönderdi. Mahkeme iddianameyi kabul ederek, Boydak’ın yargılanmasına karar verdi. Kayseri 4. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen davada tutuksuz sanık Müjgan Boydak ile avukatları hazır bulundu. Duruşmayı eşi Mustafa Boydak da izledi. “Benden terörist olmaz” İddianamede FETÖ soruşturması kapsamında KHK ile kapatılan Melikşah Üniversitesi’nin bağış ve ablalık gibi iddialara yazılı olarak mahkemeye savunmasını sunan Müjgan Boydak, “Ben vatanını, milletini, devletini seven bir kişiyim. Benden terörist olmaz. Yıllarca çocuklarım ve ben dikkatli bir şekilde yaşamaya gayret ettim. Yüce adaletinize sığınarak beraatımı talep ediyorum” diye konuştu. Mahkeme heyeti eksikliklerin giderilmesi için duruşmayı 27 Eylül’e erteledi.